Vzhledem k nejasným okolnostem případu se počáteční podezření zaměřilo na rodiče JonBenét – Johna a Patsy Ramseyovi. V roce 1998 dokonce velká porota hlasovala pro jejich obvinění v souvislosti se zneužíváním dítěte a možnou spoluúčastí na trestném činu.
Mezi důvody, které přispěly k veřejné nedůvěře, patřilo mimo jiné i to, že Patsy svou dceru od útlého věku přihlašovala do soutěží krásy a výrazně ji prezentovala na veřejnosti. Tento fakt mnozí vnímali jako kontroverzní a znepokojující.
Přesto k oficiálnímu obvinění nikdy nedošlo. Okresní státní zástupce rozhodl, že důkazní materiál není dostatečný pro zahájení trestního stíhání. Rodiče tak zůstali formálně očištěni, i když veřejné spekulace o jejich možné vině přetrvávaly po mnoho let.
Původní vyšetřování se zaměřilo na rodinu Ramseyových, zejména kvůli neobvyklé povaze výkupného dopisu a nedostatku důkazů o násilném vniknutí do domu. Nicméně v roce 2008 byli John, Patsy a jejich syn Burke oficiálně očištěni na základě nových analýz DNA, které odhalily přítomnost neznámého mužského profilu na oblečení JonBenét
