Atentát na Lenina ji stál život. Fanny Kaplanová skončila v plamenech

Během výslechu se k jejímu činu přiklonilo několik kolegů z SRs, ale ona odmítla udávat další osoby. I proto dostala shromažďovací rychlý rozsudek a byla 2. září 1918 odsouzena k smrti. Popravena byla 3. září střelou do týla v Alexandrovském sadu pod velením velitele Malkova, jak to nařídil sovětský státník Yakov Sverdlov. Její tělo bylo poté spáleno, aby nezůstaly žádné ostatky.