K dalšímu typu interakcí dochází během putování léku tělem. Nejprve se vstřebá, pak se rozptýlí, následně se může přeměnit na aktivní nebo neaktivní formu a nakonec se z těla vyloučí. Během této cesty ho ale mohou ovlivnit jiné látky, například další léky, některé bylinky nebo i běžné nápoje. Ty mohou změnit, kolik se léku vstřebá, jak rychle začne působit nebo jak dlouho zůstane v těle. Důsledkem může být buď zesílení, nebo naopak oslabení účinku. Typickým příkladem je bylinka třezalka tečkovaná, která může závažně pozměnit účinek celé řady léků, protože ovlivňuje jaterní enzymy, které odpovídají za odbourávání léčiv. Tím dokáže významně ovlivnit jejich účinek. Enzymatickou přeměnu řady léků v játrech ovlivňují také flavonoidy obsažené v grepech, grepovém džusu, pomelu, hořkých pomerančích, granátovém jablku nebo v jejich extraktech v doplňcích stravy. Zde ale dochází naopak ke zvýšení účinku, včetně nežádoucích účinků léčiv.