Nejdříve rozvod, pak kampaň
Ještě než Čaputová vstoupila do prezidentské kampaně, v roce 2018 se rozvedla s manželem Ivanem Čaputou. Z manželství má dcery Emu a Leu. Během kampaně byl jejím partnerem fotograf a umělec Petr Konečný. Krátce po svém zvolení však přiznala, že procházejí těžkým obdobím. V současnosti je partnerem prezidentky Juraj Rizman, bývalý ředitel Greenpeace Slovensko.