Ke kolaboraci ho přiměly až pozdější události, kdy byl Arnošt zatčen a dcera Blanka se psychicky zhroutila. "Štěstí mé dcery je přednější než má čest a svědomí," řekl později k důvodu, proč na dva roky vstoupil do Vlajky. Díky jeho členství se Arnošt vrátil z Terezína. Dalším důvodem, proč chránit rodinu, bylo pro Šlégla narození vnučky Zuzany. "Nasadil jsem si masku. Ta však musela sedět dokonale, aby ani cípkem nebylo možno pod ni nahlédnout."
Během války účinkoval v jedenácti propagandistických rozhlasových skečích, které parodovaly exilovou vládu v Londýně, a v roce 1942 napsal na objednávku gestapa román Návrat s protižidovským vyzněním. Nakonec v roce 1944 přijal od nacistů Svatováclavskou orlici.
