Kompetence v oblasti zahraniční politiky

Paroubek se hned po nástupu do premiérské funkce ve vztahu k prezidentovi důrazně vymezil kvůli kompetencím v zahraniční politice, za niž podle premiéra nese odpovědnost vláda. V květnu 2005 prezidenta kritizoval za to, že údajně překračuje své kompetence, a pohrozil mu omezením zahraničních cest, nebude-li vystupovat v souladu se záměry vlády. Po slovní přestřelce v médiích se oba činitelé sešli a dohodli se, že se pokusí vystupovat koordinovaně.

Evropská unie a euroústava

Odlišné postoje zaujímají oba politici i ve vztahu k Evropské unii. Podle Paroubka se prezident snaží popřít evropský poválečný vývoj, když navrhuje vytvořit organizaci evropských států, která by nahradila dosavadní podobu evropské integrace. Rozdílné názory mají Klaus a Paroubek v otázce evropské ústavy - zatímco Paroubek chce pokračovat v ratifikačním procesu, Klaus považuje dokument za mrtvý.

Gesto vůči sudetským antifašistům

Prezident nesouhlasil s premiérovým záměrem na vstřícné gesto vůči sudetským antifašistům, s nímž Paroubek přišel loni v červenci. Klaus to označil za "mimořádně nešťastný a nebezpečný návrh". Podle Paroubka Klaus návrh nepochopil. Vláda nakonec návrh na vstřícné gesto přijala.

S tímto tématem souvisí i další konflikt z letošního ledna, kdy se při návštěvě maďarského prezidenta László Sólyoma v Česku dozvěděl Klaus o dopise, který Paroubek poslal politickému hnutí Coexistentia-Soužití. Paroubek v dopise napsal, že vstřícné gesto české vlády vůči německým antifašistům z bývalého Československa se vztahuje i na příslušníky maďarské menšiny. Klausovi vadilo, že ho premiér o dopisu neinformoval.

Postoj ČSSD k volbě prezidenta

Předsednictvo ČSSD loni v září přijalo usnesení, v němž se omluvilo za nerozhodnost a nejednotu sociálních demokratů při volbě prezidenta republiky v roce 2003, kdy byl zvolen Klaus. Tvrdá kritika na adresu Klause zazněla z Paroubkových úst i během zasedání. Prezident to označil za bezprecedentní útok na hlavu státu v polistopadové historii země.

Jmenování ministra zdravotnictví Davida Ratha

Další spor mezi oběma politiky se odehrál loni v říjnu při jmenování předsedy ČLK Davida Ratha ministrem zdravotnictví. Klaus odmítl Ratha jmenovat s tím, že jeho působení v obou funkcích odporuje ústavě. Rath uvedl, že hodlá výkon funkce v ČLK pozastavit. To však prezidentovi nestačilo a na svém odmítnutí trval. Několikadenní napětí mezi premiérem a prezidentem skončilo tím, že Rath z čela ČLK odešel a Klaus jej poté jmenoval.

Zákon o registrovaném partnerství

Letos v únoru vetoval Klaus zákon o registrovaném partnerství lidí stejného pohlaví. Paroubek veto označil za jednu z největších prezidentových chyb a uvedl, že zvolí "politické prostředky" k tomu, aby sněmovna veto přehlasovala.

Spor ohledně návštěvy ruského prezidenta Vladimira Putina

Tajemník prezidenta Ladislav Jakl ve čtvrtek uvedl, že premiér Paroubek ohrozil průběh návštěvy ruského prezidenta Vladimira Putina v ČR, protože na poslední chvíli požadoval změnu programu. Premiér označil chování prezidentské kanceláře za nekorektní, Hrad podle něj zneužil situace pro politické cíle.