Než se stal v březnu 2005 předsedou Akademie věd České republiky, pracoval jako ředitel Ústavu molekulární genetiky Akademie věd.

Václav Pačes vystudoval biochemii na Přírodovědecké fakultě Univerzity Karlovy. Původně měl v úmyslu studovat medicínu, na školu ale nebyl z politických důvodů přijat.

Jeho skupina byla jednou z prvních, která v roce 1986 dokončila přečtení úplné dědičné informace bakteriálního viru. Za sebou má i další vědecké úspěchy.

Během vědecké kariéry působil na univerzitách v Chicagu či Hamiltonu. Molekulární genetiku a genové inženýrství přednáší na Vysoké škole chemicko-technologické v Praze.

Pačes má dva syny, rovněž vědce.