Nově vzniklá strana byla zaregistrována v únoru 1990, kdy se také konal její ustavující sjezd. V roce 1991 se stala členkou Liberálně sociální unie (LSU), v jejímž rámci se dostala i do parlamentu.

V říjnu 1993 zelení z LSU vystoupili.

V roce 2004 se strana stala členkou Evropské strany zelených.

Strana zelených má asi 1200 členů. Její stranické preference se do letošního února pohybovaly okolo tří procent, poslední průzkumy však zeleným dávají šance na překročení pětiprocentní hranice potřebné pro získání křesel v Poslanecké sněmovně.

Vedení strany

Současný předseda strany Martin Bursík byl zvolen loni v září na mimořádném sjezdu. V čele strany vystřídal Jana Beránka, kterému se ani po dvou letech ve funkci nepodařilo urovnat dlouhodobé konflikty uvnitř strany. Kvůli neshodám s Beránkem například pražská organizace vyloučila Milana Horáčka, který jako člen německých Zelených zasedá v Evropském parlamentu.

Bursík byl v roce 1998 ministrem životního prostředí ve vládě Josefa Tošovského a prošel již několika politickými subjekty. Po listopadu 1989 se stal členem Občanského fóra a poté jeho nástupnického Občanského hnutí. V letech 1990 až 1992 byl poslancem České národní rady. Byl také místopředsedou strany SD- LSNS a v roce 1999 se stal členem KDU-ČSL. Do Strany zelených vstoupil v červnu 2004. V roce 1998 neúspěšně kandidoval na primátora Prahy.

Volební výsledky

V posledních volbách do Poslanecké sněmovny v roce 2002 získali zelení 2,36 procenta hlasů, a tím i nárok na státní příspěvek ve výši 11,292.900 korun.

Ve volbách do Evropského parlamentu v roce 2004 dostali 3,16 procenta hlasů a státní příspěvek 2,217.960 korun.

V současné době má Strana zelených jednoho zástupce v parlamentu - na podzim 2004 byl zvolen senátorem v Praze 10 nestraník Jaromír Štětina. Na nižších úrovních má Strana zelených zastupitele v krajích, městech i obcích, v několika obcích má i starosty.