Její další velkou rolí byla postava Prue Halliwellové v serálu Čarodějky, kde se objevila po boku Holly Marie Combsové a Alyssy Milanové. Dohertyová se na seriálu podílela také jako spolurežisérka. Projekt opustila v 2001, údajně kvůli neshodám s dalšími členy ansámblu.
