Katie Holmesová
Třetí sňatek uzavřel v roce 2006 s další herečkou Katie Holmesovou, s níž má dceru Suri. Ani tento svazek však nevydržel a v roce 2012 bylo manželství rozvedeno.
Na dceru přispívá, ale nevídá se s ní. Údajně je to už přes deset let, co se viděli naposled. Důvodem je zejména Cruisova víra hraničící s poblouzněním. Letos si dokonce Suri, která žije s matkou v New Yorku, změnila příjmení a dala tím jasně najevo, že s otcem nechce mít nic společného.