Otec tří dětí
Komik si v roce 1990 vzal Sunetru Sastryovou (na fotografii), se kterou se seznámil, když pracovala jako maskérka pro stanici BBC. Pár se rozvedl v roce 2015 a má dvě děti, syna Bena a dceru Lily. Atkinson je od té doby ve vztahu s komičkou a herečkou Louise Fordovou, se kterou má třetí dítě, holčičku Islu. Ta se narodila, když bylo herci 62 let. Po jejím narození si Atkinson vzal rok volna, aby se jeho partnerka mohla dále věnovat herecké kariéře.
